Chính sách BHYT hiện tại đang áp dụng chủ yếu theo phương thức BHYT cho từng cá nhân, duy chỉ có BHYT cho người nghèo, BHYT tự nguyện cho học sinh, hộ gia đình, đoàn thể, nông dân thực hiện theo phương thức cộng đồng hộ gia đình. Do vậy, phương thức theo từng cá nhân không mang tính cộng đồng, rộng rãi không bền vững và khó tiến đến BHYT toàn dân.

Phương thức thanh toán giữa cơ quan Bảo hiểm xã hội và cơ sở khám chữa bệnh đang thực hiện theo phí dịch vụ y tế. Phương thức này không khuyến khích các bệnh viện tiết kiệm chi tiêu, không khuyến khích người bệnh sử dụng hợp lý các dịch vụ y tế, lạm dụng dịch vụ y tế; phương thức này chứa đựng nhiều rủi ro cho quỹ, dễ dẫn đến vỡ quỹ BHYT.

Về mức giá viện phí: BHYT thanh toán khung giá viện phí theo Thông tư số 03/2006/TTLT-BYT-BLĐTBXH-BTC sửa đổi, bổ sung Thông tư số 14/TTLT năm 1995, hai thông tư này thực hiện song hành, chưa thống nhất, cơ sở khám chữa bệnh ký hợp đồng với cơ quan Bảo hiểm xã hội khi thì dịch vụ này theo thông tư số 03, dịch vụ khác lại theo thông tư 14.

Sự bất bình đẳng về chăm sóc y tế tại các vùng, miền trong cả nước. Những thành phố lớn thì tập trung các cơ sở khám chữa bệnh hiện đại.

Mức đóng BHYT hiện nay còn thấp: năm 2004 bình quân mức đóng là 324.000 đồng/người/năm; năm 2006 mức đóng bình quân là 432.000 đồng/người/năm. Trong khi chi phí y tế có sự gia tăng cả về tần suất khám chữa bệnh và chi phí bình quân một lần khám và điều trị.

Công tác thông tin tuyên truyền về chính sách BHYT còn hạn chế về hình thức và nội dung. Sự nhận thức của người dân về chính sách BHYT còn thiếu hiểu biết, chưa tin vào chính sách này.

Công tác tổ chức khám chữa bệnh BHYT ở không ít các cơ sở khám chữa bệnh còn nhiều bất cập, nhất là sự phiền hà gây ra bởi nhiều thủ tục hành chính. Một số bệnh viện do muốn bảo toàn quỹ khám chữa bệnh ngoại trú tại đơn vị nên đã hạn chế tối đa việc chuyển bệnh nhân đi điều trị tại tuyến y tế trên có chuyên môn chuyên sâu hơn từ đó dẫn đến việc không ít bệnh nhân không được hưởng quyền lợi mà còn phải tự trang trãi chi phí khám chữa bệnh. Việc phân biệt đối xử giữa bệnh nhân dịch vụ và bệnh nhân có thẻ BHYT, hiện tượng kê đơn thuốc để bệnh nhân tự mua, chuyển bệnh nhân đến điều trị tại các cơ sở y tế tư nhân…không còn là hiện tượng cá biệt. Điều này làm giảm niềm tin của người dân vào chính sách BHYT.