Theo thông tư số 03/2006/TTLT-BYT-BLĐTBXH-BTC của Liên bộ Y Tế, Lao động- Thương binh và Xã hội, Tài chính ban hành về việc bổ sung Thông tư số 14/TTLT ngày 30/09/1995 hướng dẫn việc thu một phần viện phí. Cả trăm dịch vụ y tế mới BHYT thanh tóan cho các bệnh viện chưa bao gồm tiền ngày giường, tiền chi phí các dịch vụ xét nghiệm, tiền thuốc men và vật tư tiêu hao. Theo quy định thông tư 03 của Liên bộ đưa ra một khung giá khá rộng để các địa phương dựa vào hoàn cảnh kinh tế-xã hội lựa chọn giá chính thức phù hợp với địa phượng mình; dù không quy định cụ thể nhưng cũng ngầm hiểu mục đích của khung giá cao nhất sẽ áp dụng cho các cơ sở y tế nằm trên các thành phố lớn, giá trung bình sẽ áp dụng cho các tỉnh vùng đồng bằng, duyên hải miền trung, Tây Nguyên và giá tối thiểu dành cho các tỉnh vùng núi cao, kinh tế khó khăn. Thí dụ: Phẫu thuật nhổ răng đơn giản từ 30 nghìn đồng đến 100 nghìn đồng. đo thị lực từ 25 nghìn đến 40 nghìn đồng,..thủ thuật loại đặc biệt từ 300 nghìn đồng đến 1.2 triệu đồng. Như vậy, cơ quan chức năng đã không đưa ra được tại sao các dịch vụ phải trả giá như vậy? Nên các cơ sở y tế thì sẽ thu càng nhiều viện phí càng tốt. Bảng giá đã mang lại quyền lợi cho các cơ sở y tế, nhưng quỹ BHYT phải cho trả thêm một khoản kinh phí lớn để trả công cho bác sĩ. Thí dụ: mổ ruột thừa chi phí toàn bộ trước đây khoảng một triệu đồng nay trả thêm một triệu đồng tiền công cho bác sĩ. Có nhiều thủ thuật trước đây miễn phí thì nay tính rất cao như thử phản ứng thuốc kháng sinh trước khi tiêm là 30 nghìn đồng; nhiều thủ thuật cao hơn làm tại phòng mạch tư nhân như nạo VA tư nhân là 50 nghìn đồng.
Khung giá dịch vụ y tế mới chưa có cơ sở khoa học, còn mang tính áp đặt chung, không giải thích rõ ràng như nhiều máy móc thiết bị khi sử dụng người bệnh phải trả tiền-là tiền khấu hao.
Tuy nhiên, không phải bệnh viện, cơ sở y tế nào cũng ký hợp đồng khám chữa bệnh BHYT với cơ quan Bảo hiểm xã hội. Theo thống kê đến cuối năm 2006, sau hơn một năm thực hiện NĐ63/2005/NĐ-CP về khám chữa bệnh BHYT đến nay cả nước đã có hơn 1.800 cơ sở Khám chữa bệnh (cả công lập và ngoài công lập), hợp đồng khám chữa bệnh BHYT gần 60% số Trạm y tế xã phường có khám chữa bệnh BHYT. Dù vậy, vẫn còn một số bệnh viện và gần 40% trạm y tế xã phường chưa ký hợp đồng khám chữa bệnh BHYT và chưa tổ chức khám chữa bệnh BHYT.
