Sự đổi mới về cơ chế, chính sách BHYT chưa tạo ra sự đồng bộ.

Việc mở rộng quyền lợi, kết hợp với việc bỏ 20% cùng chi trả, bỏ trần thanh toán trong khám chữa bệnh.

Mức thu BHYT tự nguyện thấp, số lượng ít tập trung chủ yếu là những người có nguy cơ cao về bệnh tật mới mua BHYT.

Mở rộng các dịch vụ thanh toán kỹ thuật cao dẫn đến việc tăng chi phí khám chữa bệnh quá nhanh.

Các cơ sở khám chữa bệnh tuyến 2 thanh toán theo thực chi mà không hướng đến dự phòng , không giới hạn , nên chi phí khám chữa bệnh tại tuyến 2 cao hơn nhiều so với nơi có người có thẻ đăng ký khám chữa bệnh ban đầu.

Khi xảy ra tình trạng bội chi thì cơ quan Bảo hiểm xã hội đã làm gì? Cơ quan này đã có những cách giải quyết tạm thời, không phù hợp thực tế, làm tình trạng thêm phức tạp; cụ thể là năm 2006 quỹ BHYT bị bội chi nặng thì Bảo hiểm xã hội Việt Nam đã ban hành công văn số 44/BHXH-TN yêu cầu Bảo hiểm xã hội các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương tạm dừng việc thu phí và phát hành thẻ BHYT tự nguyện. Nhưng khi công văn được thực hiện thì các cơ quan đã lên tiếng bảo vệ quyền lợi cho người nghèo.

Qua phân tích tình hình thu chi thì trước khi mở rộng đối tượng tham gia, quyền lợi của người có thẻ BHYT như được hưởng những dịch vụ kỹ thuật y tế với chi phí cao thì quỹ khám chữa bệnh kết dư, nhưng sau khi thực hiện NĐ63/ 2005/NĐ-CP thì quỹ khám chữa bệnh lại bội chi. Kết dư nhiều? Bội chi nhiều? Bài toán hóc búa đặt ra cho cơ quan Bảo hiểm xã hội và các Ban ngành liên quan.