Qua chặng đường hoạt động 8 năm những thành tựu mà chi nhánh đạt được không tránh khỏi những thiếu sót, những tồn tại này đã làm cho vai trò và chức năng của BHTG không thể hiện đúng mức trong hệ thống tài chính ngân hàng trong khu vực.
Đối với nghiệp vụ kiểm tra tại chỗ: Thực sự với một bộ máy thiếu và yếu chi nhánh ĐBSCL không thể đảm đương được nhiệm vụ được giao, trong quá trình kiểm tra chưa nhận được sự đồng tình từ phía các chi nhánh NHNN, cụ thể Chi nhánh NHNN tỉnh Bạc Liêu, Sóc Trăng, từ đó cũng gây khó khăn cho Chi nhánh, bên cạnh đó còn nhiều QTDND cơ sở hoạt động mạnh trên địa bàn tỉnh An Giang, Trà Vinh, Tiền Giang, Bạc Liêu có thái độ bất cần tổ chức BHTG. Hiện nay chi nhánh chỉ thực hiện kiểm tra tại chổ đối với hệ thống QTDND còn các chi nhánh NHTM thì chỉ dừng lại ở mức kiểm tra số tiền gửi thuộc đối tượng bảo hiểm và cách tính nộp phí của các đơn vị, điều này nằm ngoài năng lực của cấp chi nhánh và nó cũng là cái hạn chế chung của toàn hệ thống.
Đối với nghiệp vụ giám sát từ xa: Do chi nhánh chưa trang bị phần mềm chung cho hệ thống giám sát xếp hạng, nên rất khó khăn trong việc thu thập va xử lý dữ liệu, hiện nay chi nhánh ĐBSCL tự sử dụng phần mềm ứng dụng cho riêng chi nhánh để xử lý số liệu giám sát. Tuy nhiên việc chấp hành gửi báo cáo thông từ phía các TCTD không tốt đã làm cho việc giám sát thiếu tính khách quan, việc cảnh báo sớm đối với các TCTD còn mang tính hình thức, chưa có ý nghĩa thực tiễn.
Đối với công tác kiểm tra nội bộ: đây là một công tác lớn nhưng hiện nay các chi nhánh khu vực không có Bộ phận kiểm tra nội bộ (trước đây trong cơ cấu tổ chức cấp chi nhánh thì có), điều này đã làm ảnh hưởng lớn đến việc chấn chỉnh trong nội bộ những sai sót trong vận hành bộ máy của Chi nhánh khu vực.
Đối với nghiệp vụ hỗ trợ tài chính: là một trong những sản phẩm có ý nghĩa chiến lược nhưng chi nhánh ĐBSCL không thực hiện được, có thể nói không có công tác marketing nào có sức thuyết phục bằng chính sản phẩm dịch vụ mà chúng ta mang lại cho khách hàng, phía sau công tác quảng bá hình ảnh phải là sản phẩm của chi nhánh nhưng sản phẩm này không đến được khách hàng (tổ chức tham gia BHTG) thì làm sao BHTG Chi nhánh khu vực ĐBSCL có một chổ đứng trong lòng khách hàng.
