Tăng quyền lực cho cơquan BHYT: Luật BHYT cần giao cho tổ chức thực hiện BHYT quyền hạn đủ lớn để chủ động thi hành nhiệm vụ kiểm tra, giám sát thu đóng BHYT và quyền hạn thực hiện các biện pháp xử phạt đủ mạnh nhằm đảm bảo thi hành Luật BHYT bắt buộc;
Tăng cường phân cấp: Luật BHYT cần quy định xác định mô hình tổ chức BHYT phù hợp hơn cho hoàn cảnh địa lý, kinh tế và xã hội của nước ta. Đặc điểm của một quốc gia đông dân (trên 90 triệu dân trong 10 năm tới), nền kinh tế của nước đang phát triển, hệ thống y tế đang tiếp tục chuyển đổi là những yếu tố quan trọng cần tính tới trong thiết kế hệ thống tổ chức.
Trong giai đoạn một – hai thập kỷ tới, mô hình tổ chức BHYT đa quỹ 24 hoặc đơn quỹnhưng có phân cấp mạnh sẽ phù hợp hơn đối với thực trạng khác biệt lớn giữa các tỉnh, thành phố về kinh tế, xã hội, phù hợp với sự phân cấp mạnh mẽ trong quản lý ngân sách nhà nước, quản lý hệ thống cung ứng dịch vụ phòng bệnh, chữa bệnh. Đồng thời mô hình đa quỹ cũng có thể tạo ra sự chủ động cho từng địa phương, đặc biệt trong giai đoạn phát triển các chương trình BHYT tự nguyện.
Thực hiện chuyên nghiệp hóa hoạt động BHYT: Để có đáp ứng tốt hơn cho mục tiêu BHYT toàn dân, cần nâng cao năng lực quản lý của hệ thống BHYT bằng cách chuyên nghiệp hóa công tác BHYT, tách biệt hoạt động BHYT ra khỏi hoạt động của quỹ hưu trí, thất nghiệp; giải pháp tổ chức cần thiết là thiết kế bộ máy quản lý BHYT độc lập với bộ máy quản lý quỹ hưu trí. Mô hình đa quỹ cũng chỉ có thể thực hiện được khi có sự tách biệt hoạt động BHYT và hoạt động quản lý quỹ hưu trí.
Thành lập và phát huy vai trò của các tổ chức chuyên môn trong hệ thống BHYT: Luật BHYT cũng cần tạo cơsở để thành lập các Hội đồng chuyên môn phục vụ cho quá trình xây dựng, hoàn thiên và sửa đổi bố sung gói quyền lợi BHYT, danh mục thuốc BHYT, danh mục kỹ thuật BHYT. Những Mô hình đa quỹ: tổ chức quỹ BHYT theo tỉnh, thành phố, hoạt đông theo những nguyên tắc chung, nhưng được sự quản lý chủ động, tích cực của các cấp chính quyền địa phương, song song với quỹ dự phòng hoặc quỹ tái bảo hiểm quốc gia nhằm chia sẻ rủi ro giữa các quỹ cấp tỉnh.
Mô hình này tương tự với mô hình hiện tại của Đức, Nhật và một số quốc gia phát triển khác. hội đồng chuyên môn có thể bao gồm: Hội đồng tư vấn danh mục thuốc BHYT, Hội đồng tưvấn y học cho BHYT.